La potatura è probabilmente la parte più importante e delicata che riguarda la cura del bonsai, per questo è necessario procedere seguendo tempi e metodi precisi. Nella coltivazione dei Bonsai sono distinti due tipi di potatura: la potatura di formazione, che è quella maggiormente rilevante e serve a definire l'impostazione generale della forma che si intende dare alla pianta, e quella di mantenimento che è meno radicale ed è eseguita più frequentemente.
La potatura di formazione è piuttosto drastica in quanto eseguendola si stabilisce quali rami tagliare completamente, quali accorciare e che direzione fargli seguire, affinché il bonsai assuma la conformazione desiderata. Per questo motivo è importante eseguirla in periodi precisi come la primavera o l'autunno.
La potatura di mantenimento può invece essere effettuata anche più volte durante l'anno e serve a ritoccare la pianta in modo che non ne venga alterata la struttura stabilita.
Per ogni fase della potatura comunque è importante eseguire ogni passaggio, dallo sfoltimento delle foglie, all'accorciamento dei rami o al taglio delle radici, seguendo criteri precisi su come e dove tagliare, che posso variare a seconda del tipo di bonsai, e utilizzando gli strumenti appropriati.
